Науковий Семінар:Системна біологія

Матеріал з USIC Wiki

Ця стаття буде корисна для студентів природничого факультету.

• Семінари Інтернет Центру

Зміст 1 Системна біологія - міждисциплінарна наука XXI століття 1.1 Визначення системної біології 1.2 Як і чому виникла системна біологія 1.3 Методологія системної біології 1.4 Здобутки системної біології 2 Сучасна прикладна біоінформатика 2.1 Вступ 2.2 Геноміка та пов'язані з нею задачі 2.3 Практичний відступ 2.4 Транскриптоміка. Мікромасив-експерименти 2.5 Перспективи біоінформатики 2.6 Контакти, матеріали, посилання 2.6.1 Контакти 2.6.2 Слайди 2.6.3 Ресурси

Системна біологія - міждисциплінарна наука XXI століття

Доктор біологічних наук М. Ю. Оболенська

Основні положення доповіді

• Системна біологія - це союз біології, математики та інженерії.

• Як і чому виникла системна біологія.

• Методологія системної біології поєднує експеримент з математичним моделюванням.

• Практичне застосування здобутків системної біології.

Визначення системної біології

Як і чому виникла системна біологія

Методологія системної біології

Здобутки системної біології

Сучасна прикладна біоінформатика

Б. Т. Токовенко

Основні положення доповіді

• Класична та нова біоінформатика.

• Геноміка - вивчення усіх генів клітини на рівні ДНК, РНК та білка.

• Мікромасив-експерименти - сучасний метод вивчення експресії генів.

• Математика та програмування - необхідні складові біоінформатики.

Вступ

• Біоінформатика: збереження та обробка біологічних даних.

• Біоінформатика: історія.

• Біоінформатика: біологічні дані.

• Біоінформатика: обробка.

• Задачі біоінформатики.

Геноміка та пов'язані з нею задачі

Задача: виявлення у геномах певних коротких нуклеотидних послідовностей - сайтів зв'язування транскрипційних факторів.

Методи розв'язання:

• Консенсус-послідовності - пошук підпослідовностей у нуклеотидних послідовностях.
• Позиційно-частотна матриця.
• Адаптація прихованої моделі Маркова до формулювання моделювання сайтів зв'язування.

Практичний відступ

• Програмні інструменти біоінформатики
• Результати обробки даних іструментами

Транскриптоміка. Мікромасив-експерименти

Перспективи біоінформатики

• роль програмування в біоінформатиці
• перспективи професії біоінформатика
• задачі, що є актуальними для біоінформатики

Контакти, матеріали, посилання

Контакти

- Токовенко Богдан

Слайди

• Системна біологія
• Біоінформатика

Ресурси

• http://biomed.org.ua/COTRASIF Conservation-aided transcription factor binding site finder

• http://ncbi.nlm.nih.gov GenBank

• http://www.r-project.org/

• http://diark.org/diark/ 648 геноми еукаріот у БД

• http://23andme.com Індивідуальна геноміка